本科阶段主要开设课程大体包括生物化学、微生物学、微生物与免疫学、分子生物学、药理学、药物化学、药物分析、药剂学、基因工程原理等。

以中国药科大学为例，生物制药专业的基础课：高等数学、普通物理、无机化学、物理化学、分析化学、有机化学、生物学、生物化学、微生物学、分子生物学。生物制药专业的专业课：生物制药工艺学、制药生物技术、化工原理、生物制药设备、工程制图、抗生素、发酵工艺原理、生理药理学、药剂学、生物药物分析、免疫学技术。

各校根据培养方式和要求不同，课程设置也有所差异。

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