1985年原成都科技大学化工系创建了生物化学工程（生物化工）专业，于1986年开始招生，是全国首批具有该专业的院校之一。1990年开始培养研究生。1998年教育部进行本科专业调整，以生物化工专业为基础，发展成生物工程专业。2001年由化工系并入新建立的制药与生物工程系，建制为生物工程教研室和生物工程专业实验室。本专业已拥具有1个博士后流动站，1个二级学科博士授权点、1个硕士授权点和1个工程硕士授权点，现有专职博士生导师5人，硕士生导师12人，在校硕博士生及工程硕士30余人。

培养目标：本专业培养具备坚实的生物学和工程学理论基础，掌握生物工程专业的系统知识和专门技能，掌握生物工程产业化研发、生产、管理和推广的基本技能，具有工程设计和技术创新能力的复合型生物工程技术人才。

主干课程：计算机基础、物理化学、化工原理、生物化学、微生物学、基因工程、发酵工程、细胞工程、蛋白质工程、生化反应工程、生化分离工程、生物工艺学等。

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