本科阶段主要开设课程大体包括有机化学、无机化学、生物化学、化工原理、药物化学、药理学、药剂学、药物合成反应、制药工艺学等。

以北京化工大学为例，该校本科阶段学生主要学习生物化学、微生物学、药物化学、化工原理、药理学、药剂学、制药工程与工艺及中药学等基础知识；掌握生物技术、生物制药、化学制药、中药精制、药物制剂技术与工程等专业知识；接受化学化工和制药的实验技能、工业实践、计算机应用、科研与工程设计方法和药物生产装置、工艺流程与设备设计的工程训练；并要求具备对药品新资源、新产品、新工艺的研发或设计能力。另外，还开设国家关于药物的生产政策法规、生产环境、环保、药物计算机辅助设计等课程讲座。

根据培养方式和要求不同，各校课程设置也有所差异。

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