2016年4月，自然出版集团发布最新的自然指数，Nature Index 2016，全面衡量全球各个国家/地区、科研院所、高等学校、以及产业机构的高水平论文产出，并评估各个院校在化学、地球与环境科学、生命科学、以及物理科学 （Physical Sciences） 四个核心学科领域的排名。南京大学入选全球20强高校，位列全国第二。

世界大学排名 中国高校前五强

化学学科，全国排名第三，世界排名第10；

地球与环境科学，全国排名第一，世界排名第40；

物理科学，全国排名第五，世界排名26。

全球研究机构排名 中国前五强

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